สมาคมกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยได้ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2504 มีสำนักงานระยะแรกที่ตึกนริศรา จักรพงษ์ โรงพยาบาลเด็ก ถนนราชวิถีกรุงเทพมหานคร พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว ในขณะที่ยังทรงดำรงพระอิสริยศักดิ์เป็นสมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าวชิราลงกรณ์ได้ทรงทำพิธีเปิดแพรคลุมป้ายของสมาคม เมื่อวันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2505 เวลา 10.45 น.
สมาคมมีวัตถุประสงค์ดังต่อไปนี้
- สนับสนุนและส่งเสริมการแพทย์ทางกุมารเวชศาสตร์แห่งประเทศไทยตลอดจนการศึกษาและวิจัยทางกุมารเวชศาสตร์ให้ก้าวหน้าไปตามหลักวิทยาศาสตร์
- เผยแพร่ความรู้ทางกุมารเวชศาสตร์ส่งเสริมสุขภาพแก่ประชาชน
- ร่วมมือประสานงานและสร้างสัมพันธ์กับองค์กรอื่นๆ ทั้งภาครัฐและภาคเอกชนในประเทศไทย
- ร่วมมือและแลกเปลี่ยนความรู้กับสมาคมกุมารแพทย์องค์กรและสถาบันการแพทย์ต่างประเทศ
เมื่อมีโรงเรียนแพทย์เกิดขึ้นครั้งแรกในประเทศไทย สาขากุมารเวชศาสตร์เป็นส่วนหนึ่งของภาควิชาอายุรศาสตร์ต่อมามีนายแพทย์อรุณ เนตรศิริเป็นกุมารแพทย์คนแรกของประเทศไทยได้จบสาขา
กุมารเวชศาสตร์มาจากประเทศเยอรมัน จึงได้มีการแยกภาควิชากุมารเวชศาสตร์ออกมาเป็นภาควิชาใหม่ศาสตราจารย์นายแพททย์อรุณ เนตรศิริได้ร่วมก่อตั้งและเป็นนายกสมาคมกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยคนแรก คณะกรรมการบริหารสมาคมกุมารฯ ชุดแรก (พ.ศ. 2504-2506) มีรายนามต่อไปนี้
- นพ. อรุณ เนตรศิริ นายกสมาคม
- พ.อ. ชม ศรทัตต์ อุปนายกคนที่ 1
- นพ. สโรช คมสัน อุปนายกคนที่ 2
- นพ. ดิเรก พงศ์พิพัฒน์ เลขาธิการ
- นพ. ประสงค์ ตู้จินดา เหรัญญิก
- นพ. ทวี ตันติวงษ์ ปฏิคม
- พญ. เพทาย แม้นสุวรรณ กรรมการ
- พญ. เฉิดฉลอง เนตรศิริ กรรมการ
- นพ. ศรีสกุล จารุจินดา กรรมการ
- นพ. อารี วัลยะเสวี กรรมการ
- พญ. สนใจ พงศ์สุพัฒน์ กรรมการ
- พ.ต.ต. กรณ์กิจ มุทิรางกูร กรรมการ
- นพ. ปรีชา วิชิตพันธ์ กรรมการ
- พญ. สุดสาคร ตู้จินดา กรรมการ
- นพ. สมโพธิ พุกกะเวส กรรมการ
ในระยะแรกได้มีการเลือกตั้งกรรมการทุกสองปีต่อมามีข้อบังคับให้เป็นได้ไม่เกินสองวาระติดต่อกัน และได้มาเปลี่ยนเป็นทุกสามปีใน พ.ศ. 2553 ตั้งแต่เริ่มก่อตั้งสมาคมมาจนถึงปัจจุบันได้มีนายกสมาคมฯ รวม 14 ท่าน ดังมีรายนามต่อไปนี้
- นพ. อรุณ เนตรศิริ พ.ศ. 2504-2506
- พญ. เฉิดฉลอง เนตรศิริ พ.ศ. 2506-2507
- นพ. อรุณ เนตรศิริ พ.ศ. 2507-2509
- พญ. เฉิดฉลอง เนตรศิริ พ.ศ. 2509-2511
- นพ. อรุณ เนตรศิริ พ.ศ. 2511-2513
- พลตรีนพ. ชม ศรทัตต์ พ.ศ. 2513-2515
- นพ. ประสงค์ ตู้จินดา พ.ศ. 2515-2517
- พลโท นพ. ชม ศรทัตต์ พ.ศ. 2517-2519
- นพ. ประสงค์ ตู้จินดา พ.ศ. 2519-2521
- พญ. เพทาย แม้นสุวรรณ พ.ศ. 2521-2523
- นพ. ประสงค์ ตู้จินดา พ.ศ. 2523-2525
- พญ. สุดสาคร ตู้จินดา พ.ศ. 2525-2527
- นพ. ประสงค์ ตู้จินดา พ.ศ. 2527-2529
- พญ. เพทาย แม้นสุวรรณ พ.ศ. 2529-2531
- พญ. ม.ร.ว. จันทรนิวัทธ์ เกษมสันต์ พ.ศ. 2531-2533
- พญ. สุจิตรา นิมมานนิตย์ พ.ศ. 2533-2535
- นพ. ชุมพล วงศ์ประทีป พ.ศ. 2535-2537
- นพ. สมศักดิ์ โล่ห์เลขา พ.ศ. 2537-2541
- นพ. พงษ์ศักดิ์ วิสุทธิพันธ์ พ.ศ. 2541-2543
- นพ. ประพุทธ ศิริปุณย์ พ.ศ. 2543-2545
- พญ. อุษา ทิสยากร พ.ศ. 2545-2549
- นพ. สมศักดิ์ โล่ห์เลขา พ.ศ. 2549-2553
ในปีพ.ศ. 2553 ได้มีการเปลี่ยนแปลงข้อบังคับของสมาคมกุมารแพทย์ใหม่ ว่าด้วยวาระคณะกรรมการบริหารโดยให้นายกสมาคมกุมารฯ และประธานราชวิทยาลัยกุมารฯเป็นคนเดียวกันโดยมีตำแหน่งวาระละ 3 ปีกรรมการบริหารก็เป็นชุดเดียวกัน
นายกสมาคมกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยและประธานราชวิทยาลัยกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยวาระ 3 ปีมีมาแล้ว 2 ท่าน คือ
- นพ. สมศักดิ์ โล่ห์เลขา พ.ศ. 2553-2559
- นพ. พิภพ จิรภิญโญ พ.ศ. 2559-2562
- นพ. สมศักดิ์ โล่ห์เลขา พ.ศ. 2562-2565
ในปี พ.ศ. 2525 สมาคมกุมารแพทย์แห ่งประเทศไทย ได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีทรงรับเป็นนายกกิตติมศักดิ์ของสมาคมกุมารฯ คณะกรรมการบริหารของสมาคมฯ ได้รับพระราชทานวโรกาสเข้าเฝ้าทูลละอองสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีณ พระตำหนักจิตรลดารโหฐานในวันอังคารที่ 27 กรกฎาคม 2525 เวลา 16.30 น. เพื่อทูลเกล้าฯ ถวายเครื่องหมายของสมาคมฯ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารีได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงประกอบพิธีเปิดสำนักงานถาวรของสมาคมฯ ณ อาคารสยามบรมราชกุมารี (อาคารใหม่ชั้น 7) โรงพยาบาลเด็กเมื่อวันที่ 10 ธันวาคม 2525 เวลา 16.00 น.
ในปีพ.ศ. 2540 โรงพยาบาลเด็กได้เปลี่ยนชื่อเป็น สถาบันสุขภาพเด็กแห ่งชาติมหาราชินีและได้ย้ายสำนักงานของสมาคมกุมารฯ ไปอยู่ชั่วคราวที่ห้องประชุมโรคระบบทางเดินอาหาร ชั้น 7 ตึกมหิตลาธิเบศร ของสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินีเมื่อเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2540 ถึงเดือนกุมภาพันธ์พ.ศ. 2542 ในปีพ.ศ.2537 นพ.สมศักดิ์ โล่ห์เลขา ซึ่งเป็นนายกสมาคมกุมารฯในขณะนั้นได้เป็นประธานจัด
ASEAN PediatricFederation Conferenceครั้งที่7 ที่กรุงเทพฯในหัวข้อFutureTrend ofPediatric Infectious Diseases in ASEAN Countries มีกุมารแพทย์ต่างประเทศเข้าร่วมประชุมมาก ได้มีเงินรายได้จากการประชุมมากพอที่จะซื้อสถานที่ทำงานของสมาคมเป็นของตนเองไม่ต้องไปอาศัยสถานที่ราชการ เป็นสำนักงานเหมือนเดิมอีก จากการประชุมในครั้งนั้นยังมีผลพลอยได้ทำให้ นพ. สมศักดิ์ โล่ห์เลขา ได้รวบรวมสมาชิกต่างประเทศผู้สนใจในโรคติดเชื้อตั้งสมาคมโรคติดเชื้อในเด็กแห่งเอเซียขึ้น
สมาคมกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยและราชวิทยาลัยกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยได้ร่วมกันเช่าซื้อสำนักงานใหม่ที่ชั้น 9 อาคารเฉลิมพระบารมี ๕๐ ปีเลขที่ 2 ซอยศูนย์วิจัย ถนนเพชรบุรีตัดใหม่ เขตห้วยขวางกรุงเทพมหานคร 10310 จำนวน 472 ตารางเมตรในราคาตารางเมตรละหนึ่งหมื่นบาท
สมาคมกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยได้ทำบุญสำนักงานใหม่ในวันเสาร์ที่ 9 มกราคม พ.ศ.2542 และย้ายสำนักงานของสมาคมไปในวันจันทร์ที่ 22 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 และยังอยู่ที่เดิมจนถึงปัจจุบัน
ในปี พ.ศ. 2532 ได้มีการก่อตั้งวิทยาลัยกุมารแพทย์แห่งประเทศไทยขึ้นในวันที่ 30 พฤศจิกายน 2532 ซึ่งต่อมาได้รับการโปรดเกล้าฯ ให้เป็นราชวิทยาลัยในปี พ.ศ. 2536 แต่ยังคงสมาคมกุมารแพทย์ไว้เหมือนเดิมโดยแบ่งหน้าที่กัน ราชวิทยาลัยกุมารฯ ทำหน้าที่เกี่ยวกับการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านและอนุสาขาต่าง ๆ การให้วุฒิบัตรและหนังสืออนุมัติดูแลเรื่องมาตรฐานในวิชาชีพและจริยธรรมของกุมารแพทย์ส่วนสมาคมกุมารฯ เป็นตัวแทนของกุมารแพทย์ในประเทศไทยติดต่อกับสมาคมกุมารฯ ในต่างประเทศเช่น InternationalPediatric Association, Asia-PacificPediatric Association(APPA) ซึ่งเปลี่ยนมาจาก Association of Pediatric Societies of the Southeast Asian Region (APSSEAR), ASEAN Pediatric Federation และ International Society of Tropical Pediatrics สมาคมกุมารฯ ดูแลเรื่องกิจกรรมทางสังคมของกุมารแพทย์และการดูแลเด็กการให้ความรู้แก่ประชาชนและอาสาสมัครในกิจกรรมชุมชน เนื่องจากราชวิทยาลัยเป็นส่วนหนึ่งของแพทยสภา จึงไม่เป็นนิติบุคล เพราะฉะนั้นในเรื่อที่ต้องการเป็นนิติบุคคลหรือต้องการความเป็นอิสระ จะเป็นหน้าที่ของสมาคมกุมารฯ
การที่กุมารแพทย์มีสององค์กรงานบางอย่างคาบเกี่ยวกัน ผลประโยชน์จากกิจกรรมบางอย่างต้องมาแบ่งกัน เกิดการแข่งขันกันเองอาจเป็นผลให้มีการแตกแยกในกุมารแพทย์ด้วยกัน ในปี พ.ศ. 2550 กรรมการสมาคมและกรรมการราชวิทยาลัยจึงมีความเห็นว่าควรใช้กรรมการร่วมกันเพื่อป้องกันการแตกแยกในอนาคต นอกจากนี้ยังเป็นการประหยัดรายจ่ายและการทำงานซ้ำซ้อน แต่ยังคงแบ่งบทบาทในการทำงานเพื่อให้ได้ประโยชน์สูงสุดต่อกุมารแพทย์และเด็กไทยงานหลายอย่างเราใช้ชื่อร่วมกันทั้งสมาคมและราชวิทยาลัยไม่มีปัญหาเรื่องการแบ่งผลประโยชน์เพราะถือว่าเป็นกระเป๋าเดียวกัน งานที่ต้องการความคล่องตัวจะทำในนามของสมาคม ราชวิทยาลัยต้องทำตามนโยบายของแพทยสภาทั้งยังต้องรายงานและแบ่งผประโยชน์ให้แพทยสภา